Pécsi kutatók a COVID-19 járvány kezdete óta vizsgálják a kórokozó SARS-COV-2 vírus genetikai változásait. Az adatok elemzésével és a SZTAKI informatikai támogatásával megfejthetővé vált a vírus evolúciója, és kimutathatóvá, hogyan terjedt Magyarországon.
A SZTAKI (Számítástechnikai és Automatizálási Kutatóintézet) segítségével elsőként sikerült genetikai alapon modellezni a járvány magyarországi terjedését, írja az intézet sajtóközleményben. A Pécsi Tudományegyetem Szentágothai János Kutatóközpont kutatói és a SZTAKI szakértői kevesebb mint egy nap alatt átállították a kutatásaikhoz szükséges feladatokat (bonyolult filogenetikai algoritmusokat rengeteg adattal) a magyar kutatói felhő, az MTA Cloud szervereire. A feladatokat a SZTAKI platformján az eredeti terveknél ötvenszer gyorsabban tudták végrehajni, ennek köszönhetően a víruskutatók a részeredményeket az előzetesen becsült több mint 1 hét helyett pár óra alatt kézhez vehették.
A közös munka során több mint száz különböző helyen és időpontban vett vírusminta genomadatait dolgozták fel 500 millió lépésben:
ezek az információk hozzájárultak ahhoz, hogy feltérképezhető legyen a vírus törzsfája, ezzel a járvány magyarországi terjedéséről pontosabb képet kaphassunk.
Az eredmények szerint a vírust több országból hozták be Magyarországra, főleg Nyugat-Európából. A kutatás megerősítette azt is, hogy szükség volt a kijárási korlátozásokra: március közepén, a korlátozások bevezetésekor már az ország több pontján is megfigyelhető volt helyi terjedés.
Nemzetközi
projektben is számol a felhő
A SZTAKI a Wigner Fizikai kutatóközponttal közösen még márciusban ajánlotta fel a hazai kutatási felhő, az MTA Cloud több ezer processzort és több terabájt memóriát számláló kapacitásait magyar víruskutatóknak. A hazai kutatásokkal párhuzamosan, szabad kapacitásaival a felhő bekapcsolódott a nemzetközi Folding@home projektbe, ahol a több, járvánnyal és vírussal kapcsolatos számítást is végeznek.
A SZTAKI gépei az elmúlt pár hétben több mint 8000, úgynevezett work unitot (számítási feladatot) végeztek el.
Összehasonlításképp: egy átlagos, otthoni számítógépnek ugyanennyi feladat elvégzése nagyjából 4-5 évbe telt volna.
Borítókép: Unsplash / Claudio Schwarz
